二月七日，杨慎代父亲杨廷和函致陕西巡抚蓝章，称杨慎将亲自带着喻氏的灵柩回到四川，请求派遣人马护送。

二月二十七日，杨慎第三次出京，与王安人扶继母喻夫人的灵柩离开京师回到家乡。

杨慎一行人到达陕州，巡抚蓝章遣使者迎接。

抵达西安后，蓝章又设馆饯别杨慎。

杨慎离陕西后，于途中四月二十三日向巡抚蓝章致函答谢。

服丧完毕后，杨慎恢复翰林院修撰的职务。

正德十二年，因明武宗喜欢到处巡游，不理朝政。

杨慎呈上《丁丑封事》的奏章，指责武宗“轻举妄动，非事而游”，劝他停止这种荒唐行为。

武宗根本不理睬，依旧我行我素。

杨慎无可奈何，只得称病告假，辞官归里。

正德十六年，世宗即位后，授杨慎为翰林院修撰、经筵讲官。

嘉靖二年，杨慎参与纂修《武宗实录》，充任纂修官。

杨慎利用给世宗讲书的机会，经常联系当时实际情况教育世宗。

如对已判死罪尚未诛杀的佞宦张锐、于经等人，由于大肆行贿，世宗破例赦免了他们的死罪。

杨慎在经筵讲课时，便特地讲解《舜典》。

“圣人设立赎罪的法子，是用于不大的罪过的，是为了让百姓自做新人，如果是首恶或大奸，没有可以用钱财赎免的道理。”

世宗听后很不高兴，常常借故停止讲书。

杨慎因性格耿直，既失欢于皇帝，又结怨于权奸。

虽胸怀壮志，力图报国，但其政治才能在当时是难以施展的。

在内阁“大礼议”的纷争中，突出表现出杨慎的“叛逆”风骨。

当时，张璁、桂萼等新贵为迎合上意，攀附权奸，主张在宪宗与武宗之间，加入睿宗，杨廷和父子和许多大臣坚决反对。

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嘉靖三年三月，杨廷和辞官归里，大礼议再度兴起。

六月，杨慎同三十六人上《乞赐罢归疏》辞职，不愿与张璁、桂萼等“无耻小人”同列共事。

七月十五日朝会集议时，张璁斥责廷臣欺君，吏部尚书何孟春责难张璁，群情汹汹。

罢朝后，何孟春率百官力争，杨慎激动地说。

“国家养士百五十年，仗义死节，正在今日！”

并约集同年进士检讨王元正、给事中张翀等人在金水桥南，称要共同抨击不和张璁据理力争的人。

何孟春、金献民等人奔走相告，于是二百二十九人到左顺门前候旨，从早上到中午都不退去。

世宗大怒，将带头八人下诏狱。

杨慎和王元正在金水桥、左顺门一带大哭，抗议非法逮捕朝臣，声彻宫廷。

世宗便下令逮捕五品以下的官员如杨慎等一百三十四人入诏狱，加以廷杖。

杨慎于七月十五被捕，十七日被廷杖一次，死而复苏，隔十日，再廷杖一次，几乎死去，好在云璃在此时出手稳住了他的伤势，才保住了他的一条命，不久后他就被充军云南永昌卫。