刘肇十分体恤百姓疾苦，多次下诏理冤狱、恤鳏寡、矜孤弱、薄赋敛，告诫上下官吏，要求他们反省造成天灾人祸的自身原因[] 。在他统治时期，东汉国力达到鼎盛，时人称为“永元之隆”[] 。

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英年早逝

元兴元年十二月二十二日（公元106年2月13日），刘肇病死于洛阳章德前殿，时年二十七岁。[] 刘肇驾崩后，他出生仅一百余日的儿子刘隆继位，即汉殇帝。

延平元年（公元106年）三月初五日，刘肇被安葬于慎陵（位于今河南孟津），定谥号为孝和皇帝，庙号为穆宗[] 。初平元年（公元190年），经有司奏请，汉献帝废除了刘肇在内的四帝的庙号[] 。

政治

改革察举

汉武帝时期规定，无论郡国大小，每年举孝廉二人，这个规定从汉武帝一直到东汉和帝维持了两百多年，直到刘肇亲政，才进行了改革和完善。[]

当时，人口50-60万的大郡每年举孝廉二人，而人口20万的小郡也是每年举二人，刘肇发现，各郡人口数量不同，而每年分配的名额相同，就造成了选官上的不公平。于是，永元四年（公元92年）刘肇诛杀窦氏外戚后，召开朝会与公卿大臣商议改革措施，最终采纳太尉丁鸿与司空刘方的建议，按照人口数量分配选举名额：人口满20万每年举孝廉一人，满40万每年举孝廉两人，满60万每年举三人，满80万举四人，满100万举五人，满120万举六人。而不满20万的每两年举一人，不满10万的每三年举一人，] 从而促进了汉代察举选官的公平性。

然而，由于幽州、并州、凉州等偏远地区户口相对较少，且处于边境地带，劳役繁重，读书的士子、品行能力出众的官吏进入仕途的路子比较狭窄，刘肇考虑到，安抚这些边远的地区应以人为本。于是，永元十三年（公元101年）刘肇又对察举改革作出了进一步调整，规定：边郡地区，人口10万以上的郡国，每年举荐孝廉一人；不满10万人的，每两年举孝廉一人，5万人以下的，每三年举荐廉一人，[] 从而纠正了边远小郡长期以来也需岁举2人所造成 “蛮夷错杂为数”的负面影响，小边郡与内郡一样，人口数与选举数挂钩，但享有更大的优惠。 在这种更加务实的选法下，有助于调动边郡选举效率，改变“束修良吏，进仕路狭”的状况，标志着以孝廉为主体的察举制已相当完善。

选官用贤

刘肇当政时期，多次下诏纳贤[] 。刘肇深知吏治对一个政权的重要性，非常重视官吏的选拔任用。当政时期，曾四次专门下诏纳贤，并且亲自策问，选用官员[] 。

宽和为政

刘肇当政时期，在法制上主张宽刑[] ，任用的掌管刑狱的廷尉陈宠，便是一个富于同情心的仁爱之人，每次断案，都依据经典，而“务从宽恕”[] 。