回到沪市的程默也没有闲着，青岛之行让他明白了一个道理，像王天木、陈明楚这样能够对组织造成巨大破坏的叛徒。

不可能成为个例，即使是他领导的情报二处，也无时无刻在被敌人想法设法渗透着。

于是他开始着手优化情报二处的组织架构，几大主力单位不再集体办公。

程志强负责的警卫大队改编为特种作战室。以后只负责核心保卫和特种作战。

陶茹萍的监察科独立在二处之外，主要负责反谍肃奸，只向程默负责，不再与二处内部进行日常接触。

关慧的情报科也同样分出去独立办公，所有情报经分析后依轻重缓急送交程默批示。

行动科分成若干作战小队，分别匿地潜伏，有任务再由王涛下达命令召集。

总部新增保安科，成员由新学员和特种作战室淘汰下来的人员组成，直接归叶道圣指挥，负责保卫内勤机关。

刘忠仁的总务科跟随机关行动。

叶璟砚的军情科负责对敌策反，潜伏，独立运作，只对程默负责。

电讯室，分成两个，一个主要负责协同联络总部，由叶道圣直属管理。

一个负责敌方密码破译，以及秘密电台的电报收发，跟着程默。

至此，情报二处成为一个矩阵式管理体系，除了程默，不可能再有人接触所有机密。

随着情报二处的改制完成以及敌方长谷嶋枫和李世群的回归。

血腥的1940年正式开始，二人一回到沪市，就开始加大动作，压缩情报二处的活动范围。

同时借助日本驻沪领事馆不断地给租界方面施压，要求他们不得继续给军统提供庇护和帮助。

双方由此展开了一系列的暗杀对攻，都企图打掉对方的嚣张气焰。