崇祯十三年正月二十日。

元宵过去没几日时间，督师杨嗣昌鉴于剿贼局势的糜烂，且熊文灿已被逮捕入京下狱，他当即决定不再等待各路兵马的齐聚，立即挥兵进剿流贼。

而张献忠、白贵、常国安等人在获悉杨嗣昌将亲自督师进剿后，预感形势必然不利于义军，当即就把义军兵马带入深山之中。

待杨嗣昌领军追剿时，张献忠等流贼已经由湖广郧阳府西进，转入了陕西与四川的交接之地，而后又逃窜进四川。

杨嗣昌无奈，只得传檄各路兵马，包围流贼的逃窜之路。

他命陕西三边总督郑崇俭，率领总兵贺人龙、副总兵李国奇的军队从汉中西乡入川追剿；又命左良玉率主力驻防陕西兴安与平利，防止流贼从四川进入陕西。

另外，杨嗣昌又派偏师三千人入蜀，追剿流贼。

对于杨嗣昌这样的部署，左良玉坚决反对，并建言道：“若是以偏师三千人入蜀追剿，简直就是羊入虎口。不仅没有起到追剿流贼的效果，而且流贼逃窜的方向必然会一直向西。一旦流贼进入成都平原，那局势必然更加难以控制。”

可是，对于左良玉的建言，杨嗣昌根本没有采纳，只是不停的催促着左良玉进兵。

为了不想重蹈罗睺山之败，左良玉拒绝执行杨嗣昌的命令。

他带着主力兵马由鱼渡溪进入四川，于二月一日与郑崇俭所率的兵马汇集。

杨嗣昌对左良玉违抗自己的命令很是不满，当即上书崇祯皇帝，把左良玉的建言与自己的部署上奏给崇祯皇帝，请由崇祯皇帝裁断。

并且，杨嗣昌在奏折上言：麾下将官不听调度，实乃无视皇权，若是进剿失败，当与他无关。

在这个进剿流贼的紧要关头，崇祯皇帝为了避免多生事端，当即下诏安慰了杨嗣昌，并告诫左良玉，若是兵败流贼之手，当军法从事。

二月初七日。

左良玉与郑崇俭领兵追上了张献忠等流贼大军，双方在太平玛瑙山遭遇。

流贼突遭官军，根本没有丝毫的准备，当即向着玛瑙山山顶逃去，准备迎敌。

左良玉虽然立功心切，但却也没有失了头脑。在仔细的查看了地形险易后，他下令由自己所领官军担任中路和右路进攻方向，郑崇俭所领官军担任左路进攻方向。

双方以击鼓为号，同时对玛瑙山的流贼发起进攻。