俄罗斯皇帝保罗一世（Paul I）为最多骑士提供了在圣彼得堡（Saint Petersburg）的庇护，这一举动催生了俄罗斯的骑士医院传统，以及骑士团在俄罗斯帝国骑士团中的认可。

在圣彼得堡的难民骑士们选举保罗沙皇为他们的大团长，这使得他成为霍姆佩施大团长的竞争对手，直到霍姆佩施退位，使保罗成为唯一的大团长。

保罗一世除了天主教大优先区外，还创建了一个“俄罗斯大优先区”，其下有不低于118个指挥部，规模庞大且向所有基督徒开放。

然而，保罗作为大团长的选举从未在天主教教规下得到确认，他实际上是骑士团的事实上的大团长，而非法理上的。

到19世纪初，骑士团因失去在欧洲的优先区而严重削弱。

骑士团收入的仅10%来自传统的欧洲来源，其余90%由俄罗斯大优先区生成，直到1810年。

这部分体现在1805年至1879年间，骑士团的治理由副官而非大团长负责，直到教皇利奥十三世（Pope Leo XIII）恢复了大团长职务。

这标志着骑士团作为人道主义和宗教组织的复兴。

1806年9月19日，瑞典政府向骑士团提供了哥特兰岛（Gotland）的主权。

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由于这意味着骑士团要放弃对马耳他的主张，骑士团拒绝了这一提议。

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法国占领马耳他的军队将医院骑士团驱逐出境。

在马耳他被夺取与总和平之间的十七年间，“选举一位兄弟首领以履行大团长的职务，从而保持这个主权机构的活力，这一形式上的工作得到了恪守”。

大团长的副手和临时大团长职位由大执事（bailiff）长、索尔提科夫伯爵（Counto Soltikoff）、乔瓦尼·托马西（Giovanni Tommasi）、德·加维拉（De Gaevera）、乔瓦尼·耶·塞特内尔斯（Giovanni y Centelles）、德·坎迪达（De Candida）和科洛雷多伯爵（Count Colloredo）担任。

他们的任期持续到保罗皇帝于1801年去世。

《亚眠条约》（Treaty of Amiens，1802年）要求英国撤出马耳他，马耳他将被恢复给重新建立的圣约翰骑士团，其主权将由所有主要欧洲强国保障，并将在最终和平时确定。

然而，由于英国对该条约的异议，这一安排并未实现。

波拿巴拒绝了英国关于马耳他十年租约的提议，促使英国重新激活对法国海岸的封锁。

英国于5月18日对法国宣战。

1802年的条约从未得到实施。

英国以法国在西印度群岛、意大利和瑞士的帝国主义政策为由恢复了敌对行动。

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1815 年维也纳会议（Congress of Vienna）确认失去马耳他。