之后，孙策迎接刚从袁术处回来的吴景担任丹阳太守，并亲自进攻丹阳泾县以西。

他先进击陵阳，擒获祖郎；又进击勇里，擒获自封丹阳太守的太史慈。

孙策平定丹阳回师吴郡后，拜太史慈为折冲中郎将，授祖郎为门下贼曹。

这时，袁术之前任命的周瑜为居巢长，鲁肃为东郡长。

但二人都知道袁术难成大器，在孙策平定丹阳时，相继弃官渡江来投奔孙策。

孙策亲往迎接周瑜，拜建威中郎将，当即给周瑜增兵二千人，马五十匹。

又给周瑜鼓吹等军用乐队，兴建府院住处，所赠赐的东西在军中无人能比。

也是从这一年开始，周瑜一直跟随孙策征战，并与周星月聚少离多。

同年，孙策又向汉廷贡献礼物，规模是建安元年的两倍。

汉廷任命他为讨逆将军，封为吴侯。

建安四年（199年），孙策正准备与曹操、董承、刘璋并力讨伐刘表和强弩之末的袁术。

军队已经整装待发之时，结果，袁术却得病而死。

在袁术死后，袁术的部下杨弘、张勋欲投奔孙策，不料却被庐江太守刘勋截击，全体被俘。

而袁术的堂弟袁胤、女婿黄猗等人，也慑于曹操的威力，不敢守卫寿春。

他们抬着袁术的棺木，带领袁术的家小和部曲男女，到皖城投奔刘勋。

孙策以谦恭的言辞，丰厚的礼物，劝说刘勋攻取上缭。

在刘勋成行后，孙策率军绕袭刘勋的大本营皖城，一举攻破。

随后，孙策又打败了前来救援刘勋的黄祖之子—黄射。

十二月八日，孙策进至黄祖屯兵的沙羡，刘表派侄儿刘虎和南阳人韩曦带领长矛队五千人赶来支援黄祖。

十一日，孙策率领周瑜、吕范、程普、孙权、韩当、黄盖等同时进攻黄祖军。

最后，黄祖只身逃走，其妻妾子女共七人被孙策抓获。

刘虎、韩曦并两万余部重被杀，跳水溺死者达一万余人。

孙策缴获船只六千余艘，财物堆积如山。