王敦所派的南蛮校尉—魏乂率军二万进攻湘州治所—长沙，因长沙城池不稳而又缺乏军需储备，众人都十分恐惧。

有人更劝司马承投靠陶侃，或退守零陵、桂阳，但司马承坚持要婴城固守。

甘卓写书司马承要出兵沔口断绝王敦归路，藉以解除长沙之围，但司马承劝他直接攻击王敦。

同时，王敦亦派甘卬向甘卓求和，甘卓再次犹豫，在猪口停驻了数十日仍不前进。

被召还建康防守的刘隗回京时受到百官在道上欢迎，意气自若。

入宫后，与刁协要求司马睿因王敦叛乱而尽诛王氏，但遭到拒绝，刘隗因而有惧色。

同时，王导亦率宗族子弟二十多人请罪，都被司马睿原谅。

王导任前锋大都督，戴渊任骠骑将军，周札为右将军、都督石头诸军事。

又命王廙劝止王敦，但王敦不听，更留下王廙自行任用。

王敦逼近建康时，刘隗被指挀守金城，周札守石头城，司马睿亲自领军在城郊准备迎战。

王敦兵临石头城，打算进攻金城，打击刘隗。

但部将—杜弘认为刘隗死士众多，不易攻克，建议先攻石头城。

又认为周札少有恩德，士众不服他，易于攻克，而石头城一旦被击破，刘隗就会退走。

王敦听从，并进攻石头城，周札开城门投降。

王敦因而占据石头城。

于是，司马睿命刘隗、戴渊、刁协、王导、周顗、郭逸和虞潭等率军进攻石头城，但都被王敦军打败。

太子—司马绍知道诸军兵败后，打算亲率将士决一死战，但被太子中庶子—温峤谏止。

王敦在石头城中拥兵，不入宫朝见司马睿，更放纵士卒四处抢掠。

当地大乱，官员都逃走，只余下安东将军—刘超率众与两名侍中侍奉司马睿。

司马睿只好脱下戎服，派使者向王敦求和。

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同时，兵败的刁协和刘隗回宫见司马睿，司马睿流着泪劝二人快点逃走避祸，更给予二人人马让他们逃走。

但刁协因年老而不能骑马，亦对人无恩情，元帝召募刁协随从时竟然全都推辞。

刁协行到江乘时被杀，首级被送到王敦那里；刘隗则领家属北逃至后赵。

不久，在吴兴响应王敦的沈充攻破吴国，杀害吴国内史—张茂。

之后，司马睿命令百宫到石头城见王敦，然后任命王敦为丞相、都督中外诸军、录尚书事、江州牧、封武昌郡公。

王敦假意辞让，知道攻破建康，王敦责备说：“不听我的话，几乎灭族。“

王导仍然不理睬，王敦没办法。

王敦见太子为人勇敢，而且有谋略，朝野中人都支持他。