此外俄军的战地医院规模太小，一共只有两千张床位，结果老太监莽了一波送人头之后一口气涌进来一万两千名伤员，顿时就人满为患了。

不光是人满为患，医院的条件还十分简陋，而且大部分医护人员都是半吊子，与其说是医生还不如说是“江湖郎中”。他们做手术用的是屠夫肮脏的砍刀，对卫生的要求感染的危害一点概念都没有，甚至皮罗戈夫发现有的伤员在自己的血泊中躺了足足两个礼拜！

抵达塞瓦斯托波尔后，皮罗戈夫就开始向医院发布命令，逐步实施他创建的伤员分流系统，当时的情形十分混乱，每次一遭到炮击所有的伤员就一股脑地被送往医院，不光是毫无秩序，更重要的是已经死去的、濒临死亡的、需要急救的、以及只蹭破了点皮的都混在一起。

期初，皮罗戈夫马上处理那些受了重伤的人，让护士他们直接送到手术室，但当他还在集中精力救治伤员时，其他各种情况的伤员源源不断送过来让他根本没办法做手术。

尤其是当他救治那些伤重几乎没有医治希望的伤员时，原本有机会得到救治的伤员却因为等待太久恶化死去。

“我终于认识到这么做毫无意义，因此决定更加决断、更加理智！”皮罗戈夫回忆说；“在拯救生命上，包扎站简单的组织工作比医治伤员重要得多！”

他的解决方案是一个简单的分流系统，伤员被送到医院之后，立刻由有经验的医生负责甄别，分为三个组别，重伤能救的赶紧送去手术室，轻伤的则让他们领一个号让后送到一边的包扎站让初级医生清创包扎，至于伤重没有希望的，则送到另一边的教堂，让护士和神父负责照顾他们直到死去。

托尔斯泰就亲眼目睹了战地医院的变化，后来在《十二月的塞瓦斯托波尔》中向读者描述了其中的情况，着重表扬了皮格罗夫的贡献。

此外皮格罗夫还大力推广麻醉术，这极大的提高了他和其他外科医生的工作效率，他们有三个手术室每天工作七小时，一天可以完成一百台截肢手术。

此外他还发展了一种新技术，比如在脚踝处截肢，他会留下部分跟骨给脚部一点支撑。