在那场惊心动魄的决战之后，宇宙探索联盟深知，虽然黑暗灵能势力的主力已被摧毁，但黑暗灵能的残余影响仍如幽灵般在宇宙的角落游荡。为了彻底清除这些隐患，联盟决定开展一场大规模的宇宙净化行动。

林羽和探险队再次肩负起了重要使命，他们带领着专业的净化团队，穿梭于各个曾经被黑暗灵能侵蚀的星系。这些星系中的星球，有的生态系统已被严重破坏，呈现出一片死寂与荒芜；有的则被黑暗灵能变异生物所占据，成为了危险的禁区。

他们首先来到了一个名为“幽影星”的星球。这颗星球曾经是一个充满生机的星球，拥有茂密的森林、广袤的海洋和多样的生物。然而，黑暗灵能的侵蚀使得这里的天空被黑暗能量云雾所笼罩，阳光无法穿透，大地变得干裂荒芜，海洋也被污染成了散发着恶臭的黑色黏液。

探险队在降落到星球表面后，立刻感受到了一股强烈的黑暗气息扑面而来。周围的空气仿佛都被黑暗灵能所污染，呼吸起来都让人感到不适。

“大家先释放净化护盾，确保自身安全，然后按照预定计划展开净化工作。”林羽下达指令。

净化团队成员们纷纷启动身上的净化护盾装置，一层淡蓝色的能量护盾将他们笼罩其中，抵御着黑暗灵能的侵蚀。随后，他们开始布置净化阵列。这些净化阵列是基于量子灵能转换技术研发而成的，能够释放出强大的净化能量波，分解和中和黑暗灵能。

在布置净化阵列的过程中，探险队遭遇了一些黑暗灵能变异生物的袭击。这些生物形态各异，有的身形巨大，如小山般耸立，拥有坚硬的外壳和锋利的爪子；有的则身形敏捷，能够在空闲时间迅速穿梭，发动突然袭击。

“注意防御，不要让这些生物靠近净化阵列！”林羽喊道。

探险队员们迅速拿起武器，与变异生物展开了激烈的战斗。他们运用灵能武器，发射出一道道精准的能量光束，击中变异生物后，会在其身上爆发出耀眼的光芒，暂时削弱它们的力量。然而，这些变异生物似乎具有很强的再生能力，受到攻击后很快就能恢复过来。

“这些生物的再生能力很强，我们需要找到它们的核心弱点才能彻底消灭它们！”科学家小李在战斗中观察着变异生物的行动，分析道。

经过一番激烈的战斗和观察，探险队发现这些变异生物的核心弱点在于它们体内的黑暗灵能核心。只要能够摧毁这个核心，就能彻底消灭它们。

“集中火力攻击它们的黑暗灵能核心！”林羽调整战术。

探险队员们改变攻击策略，将火力集中在变异生物的黑暗灵能核心上。在强大的攻击下，变异生物的黑暗灵能核心纷纷被摧毁，它们发出痛苦的咆哮声，随后倒在地上，化为一堆灰烬。

成功解决了变异生物的威胁后，净化阵列也布置完成。随着净化阵列的启动，一道巨大的净化能量波以阵列为中心，向四周扩散开来。所到之处，黑暗灵能被逐渐分解和中和，黑暗能量云雾开始消散，大地和海洋也逐渐恢复了生机。

在“幽影星”的净化工作取得成功后，探险队继续前往其他被黑暗灵能侵蚀的星球。在这个过程中，他们不断总结经验，改进净化技术和战术，使得净化工作的效率越来越高。

然而，在净化行动进行的过程中，探险队发现了一些奇怪的现象。在一些星球上，虽然黑暗灵能被成功清除，但却出现了一些新的灵能波动，这些波动与已知的灵能形式都有所不同，它们蕴含着一种神秘而古老的气息。

“这些灵能波动很不寻常，我们需要深入研究一下。”林羽决定暂停净化行动，对这些神秘灵能波动展开调查。

探险队沿着灵能波动的源头进行追踪，发现它们似乎来自于宇宙深处的一些古老遗迹。这些遗迹在黑暗灵能肆虐的时期被掩盖，如今随着黑暗灵能的消散，才逐渐露出了端倪。

他们来到了一座位于小行星带中的古老遗迹。这座遗迹的建筑风格古老而神秘，墙壁上刻满了各种奇异的符文和图案，这些符文和图案似乎在讲述着一个久远的故事。

当探险队进入遗迹内部时，立刻感受到了一股强大的灵能压力。遗迹内部的空间扭曲而不稳定，仿佛存在着多个时空维度的重叠。

“大家小心，这里的灵能环境非常复杂，不要轻易触碰任何东西。”林羽提醒道。

在探索遗迹的过程中，探险队发现了一些关于这些神秘灵能的线索。原来，这些神秘灵能是宇宙诞生初期遗留下来的原始灵能，它们蕴含着宇宙生命和能量的起源秘密。在远古时期，曾经有一些文明试图研究和利用这些原始灵能，但由于其力量过于强大和难以控制，最终都导致了文明的毁灭。

“如果我们能够掌握这些原始灵能的奥秘，或许能够为宇宙的发展带来巨大的突破。但同时，也必须要谨慎对待，避免重蹈那些古老文明的覆辙。”科学家小李说道。

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林羽深知其中的利害关系，他决定带领探险队在遗迹中继续探索，寻找控制和利用原始灵能的方法。然而，遗迹中设置了许多强大的防御机制和谜题，考验着探险队的智慧和勇气。

他们遇到了一道由灵能能量构成的谜题之门。门上闪烁着各种颜色的光芒，这些光芒似乎在按照某种特定的规律闪烁着。

“这应该是一道密码门，我们需要找出光芒闪烁的规律，才能打开它。”林羽仔细观察着门上的光芒，思考着破解之法。

探险队成员们纷纷运用自己的智慧和知识，对光芒闪烁的规律进行分析和研究。经过一番努力，他们终于发现了其中的规律，并成功地打开了谜题之门。

门后是一个巨大的灵能能量池，池中充满了原始灵能。这些原始灵能呈现出一种绚丽多彩的光芒，仿佛是宇宙中最纯粹的能量源泉。