崇祯就把原来负责皇宫守卫的金吾卫、羽林卫、虎贲卫也都并入了锦衣卫，锦衣卫组织结构成为四营二司，分别是枢锐营、校事营、侍从营、缇骑营、北镇抚司、南镇抚司。

枢锐营就是编制两万人，就是军队，一律按军队实战标准进行训练。锦衣卫有一个“卫”字，又称为皇帝的“亲军”，性质首先就是军队，而不是一般人们以为的情报机构。

第一期枢锐营军官从教导连里抽调，以后的计划，阎应元建议从全国各州县十四岁以下的童生中通过考试选拔身体强健、头脑聪明、性情刚毅的一千人送到京城，给过考核选出三百人进入国子监讲武堂学习，每天进入皇宫教场，由皇帝每天抽出一个时辰，亲自监督训练。两年以后，把这三百人分别送到各边镇锻炼一年，让这三百人各自率兵比试选出枢锐军官。

校事营，编制正式成员六千人，临时成员不限，这个才是后世人们一般以为的锦衣卫职能，情报机构，负责侦查收集各类情报。沈飞知道胡适写过一篇考证文章《曹魏的校事制度》，认为是中国最早的情报组织，“校事”一词大概就是源自于此。

校事营可以在各行各业中发展秘密成员，建立直达中枢的秘密联络渠道，触角可伸入边军、京营、各土司、境外属国、夷狄部落、宗藩王府。沈飞主持的对付武林人物的机构也挂在校事营下，安剑清已经送来了沈飞和完颜萍的锦衣卫制服和腰牌，校事营副指挥佥事，有个副字是因为沈飞不管情报工作，专职对付武林人物。还送来50块百户腰牌让他们任命招募的手下，两个还有一个指挥使加衔，和阎应元平级，突显两人的地位。

侍从营编制三千人，从枢锐营选拔优秀者组成，以个人格斗能力强者担任，就相当于皇帝的警卫营。侍从营主官指挥佥事，阎应元特别推荐由张渊担任，张渊二十四岁，是教导连里的优秀者，戚继光《纪效新书》中提到的十六个武术流派中绵张短打的传人，从小习武，也精通各种器械，在之前的训练中对各种阵法者是一点就通，极其聪明，才被阎应元选中作为崇祯的护卫。虽然之前沈飞给过崇祯太监速成的《葵花宝典》，不过再怎么速成也需要至少一年时间，即便林平之也不是毫无基础的，先让他顶一下也可以。

缇骑营散布各州县，为常设锦衣卫精锐骑兵组织，每县至少常备十人，负责快速传递消息，协捕重犯，京城缇骑营三千人。北镇抚司监察百官和专管诏狱，南镇抚司监察锦衣卫内部，职能和原先一样。

另外把锦衣卫里原先负责仪仗摆设的分离出去，独立设仪鸾卫。这部分装点门面的当然经费被缩减到了最小，原来的锦衣卫高管郑士毅、张道浚、刘侨、吴孟明、徐本高等人，都划进了仪鸾卫中。并且规定以后凡是恩荫世袭进的锦衣卫统统归入仪鸾卫，锦衣卫和各级校卫的将官都必须严格考核选拔产生。

这个方案一公布，原来那些锦衣卫高官大多面如土色，但是都毫无办法，毕竟这个方案是之前官员都同意的。到这一步，对锦衣卫的改组整顿，初步架构已经完成。