到了傍晚时分，合战才宣告结束。

尾神岳、兜巾山一带积尸数里，血流成河，马嘶如云，一片惨象。昭田军的武士、足轻、农兵、阵夫等被讨取的人数高达两千余人，粮草辎重更是尽数丢弃于尾神岳。

至于昭田军诸将的结局并不一样：昭田家勇将昭田与七郎在混战之中被小岛贞兴一刀斩于马下；松之山大隅守被宇佐美定满所部枪足轻刺于马下被讨取；上原兵库意图率部突围时被八条能重所部弓足轻射杀；海老名弹正、野泽藤右卫门、长部高长、风间高盛等羽茂本间家诸将更是在逃离战场之际遭到落武者狩，首级也以二十贯文一个的价格卖给了上条军。

黑田秀忠、金津佑高二人在战局愈发不利之际，就直接抛下了己方军势不管，带着十余名马廻众逃回了春日山城，他们在途中根本不敢丝毫停留，生怕遭到落武者狩。

上条军则是在清定的命令下乘胜追击，一路接连收复荒城、虫川城、江守城、直峰城、唐野城、大间城、雁金城、池舟城等二十余座城池兵砦。

经此一役，上条家极大打击了昭田家的锐气。

当天夜里，清定还安排麾下军势收敛在尾神岳、兜巾山一带中阵亡的将士，并刊石立碑，嘉奖己方阵亡者的功绩，让米山寺的僧人们做法事。同时，清定的仁心也推及敌人，昭田一方的阵亡将士在经过首实检后也被一并掩埋。

原本，当长尾晴景、上杉定实这对翁婿逃出颈城郡后，越后诸将大都以为府中长尾家、越后上杉家已经无法复兴，因此不是拥兵进行观望就是选择倒向昭田常陆介、长尾俊景一方。

等到上条军于尾神之战大胜的消息传至整个越后七郡后，柿崎景家、加地春纲、黑川清实、中条藤资、安田长秀、山浦主水正等下越诸将纷纷率军前来与上条清定进行合流，或者是送来粮草辎重以资军用。

一时间，上条军势力大增，昭田一方则从此战开始由盛转衰。