这个来自未知星系的强大势力，自称为“暗影军团”。他们拥有着先进而又神秘的科技，其战舰的速度和火力都远超星耀联邦的舰队。

暗影军团的先头部队开始对星耀联邦的边境星球进行突袭。这些边境星球毫无防备，瞬间陷入了战火之中。居民们四处奔逃，星球上的防御设施在暗影军团强大的火力面前如同纸糊一般脆弱。

艾登和莉娜意识到，暗影军团的到来将会给星源晶的研究以及“宇宙能量修复计划”带来灭顶之灾。他们紧急向联邦政府建议，先集中力量抵御外敌，再继续推进计划。

联邦政府迅速组织起舰队进行抵抗。艾登和莉娜也加入到了战斗之中，他们利用自己对星源晶能量的了解，为联邦舰队的武器系统进行临时改装，使其能够释放出更强大的能量。

在第一场大规模的星际战役中，双方舰队在一片星际尘埃带附近展开激战。联邦舰队的战舰数量虽然不及暗影军团，但凭借着艾登改装后的武器系统和战士们的英勇无畏，暂时抵挡住了暗影军团的攻势。

然而，暗影军团很快调整了战术。他们派出了一种特殊的小型飞行器，这些飞行器能够避开联邦舰队的大部分防御系统，直接冲向联邦的主力战舰。一时间，联邦舰队陷入了混乱。

艾登发现这些小型飞行器似乎是利用一种特殊的能量场进行干扰和隐身的。他和莉娜在战场上争分夺秒地研究对策。经过紧急分析，他们发现可以利用星源晶产生的一种反向能量波来破解这种干扰。

联邦舰队按照他们的方法进行操作，果然成功地抵御了小型飞行器的攻击。双方再次陷入了僵持局面。

暗影军团的首领，一个名叫泽尔的神秘人物，看到联邦舰队如此顽强，决定亲自出马。他驾驶着一艘巨大的旗舰，旗舰上装备着一种足以摧毁整个星球的超级武器。

泽尔向星耀联邦发出了最后通牒，要求他们交出星源晶，否则将把星耀联邦的首都星球彻底毁灭。联邦政府陷入了两难的境地，他们深知星源晶的重要性，但也不能眼睁睁看着首都星球的数十亿民众丧生。

艾登站了出来，他向联邦政府提出一个冒险的计划。他打算带领一支精英小队，悄悄潜入泽尔的旗舰，破坏超级武器并夺取旗舰的控制权。这是一个极其危险的计划，但也是目前唯一的希望。